En la época prehispánica se habitaron la región diversas etnias indígenas con su propio nivel de desarrollo cultural. Se han encontrado vestigios como un cementerio indígena localizado en Playa Venado, al sur del distrito, en la antigua Zona del Canal y que se remonta a inicios del siglo XV. En Bique se ha encontrado orfebrería con influencias indígenas sinú y quimbaya, que se remonta entre el siglo I y elsiglo V.
Tras la llegada de los españoles, se tiene noticias de contactos entre indígenas y españoles en 1510, en la zona del río Caimito, para el desarrollo de la agricultura de sustento. A principios del siglo XVI el emperador Carlos I de España ordenó al Comando Real que se encontraba en el istmo que fundara un pueblo agrícola, y una iglesia entre el Cerro Cabra y el río Caimito, que más tarde sería ciudad de Arraiján.
Durante la época colonial la región no se desarrolló económicamente y su población no aumentó, pues era un sitio de paso hacia la ciudad de Panamá con el oeste del país. En el Censo General de 1843, de laRepública de la Nueva Granada, el distrito registra 851 habitantes. En ese entonces Arraiján pertenecía al Cantón de La Chorrera, junto a La Chorrera, Capira, Chame y San Carlos.
El distrito de Arraiján fue creado por la Asamblea Constituyente del creado Estado Federal de Panamá, por medio de Ley, el 12 de septiembre de 1855, sin embargo, los límites precisos del entonces nuevo distrito no serían establecidos hasta que la Asamblea Legislativa dicta la ley 32 de 1874.
En 1898, siendo el Istmo un "Departamento" de la República de Colombia, se revisa su organización política, lo cual afectó seriamente a Arraiján. Por medio de la ordenanza No. 22 del 17 de junio, la Asamblea Departamental de Panamá eliminó los distritos de Arraiján y su territorio fue agregado a los distritos de Panamá y La Chorrera (la mayor parte de la antigua jurisdicción de Arraiján pasa a manos de La Chorrera), con la excepción de las comunidades de Cocolí, Farfán, que son agregados al distrito de Panamá.
El Arraiján del siglo XIX era un pueblo aislado. Su comunicación con la Ciudad de Panamá se hacía cruzando en un bote, primero por el Puerto de Cochinito, y después de la construcción del Canal, por el Puerto de San Juan, cerca del actual Puente de las Américas. Hacia la región de La Chorrera se viajaba a caballo con las dificultades de las crecidas de los ríos, los barrancos y las lomas. Los comerciantes traían semanalmente su mercancía en la misma forma, pero los establecimientos comerciales estaban siempre surtidos de todo.
La ciudad capital se comunicaba con el interior de la república por una carretera que pasaba por el pueblo de Paja (hoy Nuevo Emperador), la cual pasaba por La Chorrera. Arraiján era un pueblo con chozas de palma, rodeado de naranjos y cafetales.
En 1924 comenzó la construcción de la carretera La Chorrera a Arraiján, lo cual comenzó a dar nueva vida al pueblo. En 1926 un trabajador de la Junta de caminos, Demóstenes Rodríguez o "El Brujo", subió el primer automóvil que se vio en el pueblo; ejercía como alcalde Delfín Herrera. La carretera estuvo terminada hacia 1930. Quienes querían y podían viajar a la Ciudad de Panamá tenían que pasar a La Chorrera por Río Congo, Paja y Pedro Miguel, en la antigua Zona del Canal, donde un ferry los conducía a la otra orilla.
El 1 de septiembre de 1932 fue inaugurada la carretera Tatcher, tramo carretero en el Pacífico, por lo que antes fue la Zona del Canal, que comunicaba a la capital con Arraiján y demás pueblos del interior. Entonces comenzó el verdadero cambio de Arraiján, hasta hasta convertirse hoy en el distrito de mayor crecimiento en Panamá.
